Dilansir oleh Gebraknews, Selasa (9/9/2014), perkembangan pengusutan pengaduan kasus tersebut telah masuk tahap berikutnya. Pihak Ditreskrimum Polda Metro Jaya telah menerbitkan Surat Perintah Penyidikan No: SP. Dik/188/I/2014/PMJ/Ditreskrimum tanggal 27 Januari 2014.
Penyidikan kasus pencemaran nama baik terhadap terlapor Wagub DKI Jakarta Ahok terkait dengan ucapan atau pernyataan Ahok yang dianggap telah menistakan dan menghina Muhammadiyah, saat terjadi kontroversi atas rencana Pemda DKI Jakarta melegalisasi pelacuran di Jakarta. Penolakan berbagai ormas Islam, di antaranya Muhammadiyah ditanggapi Wagub Ahok dengan hujatan.
"Muhammadiyah Munafik !" kecam Ahok pada 31 Desember 2013 lalu.
Pernyataan bernada penghinaan terhadap Muhammadiyah oleh Ahok itu langsung disikapi tegas oleh kader Muhammadiyah, yang tidak dapat menerima pernyataan negatif mantan Bupati Belitung Timur itu.
Ketua Umum DPD IMM (Ikatan Mahasiswa Muhammadiyah) DKI Jakarta Ibnu Misbakhul Hayat melaporkan ucapan Ahok yang dinilai sudah keterlaluan, menyinggung perasaaan umat Islam khususnya keluarga besar Muhammadiyah dan telah melanggar hukum itu kepada Polda Metro Jaya, pada tanggal 9 Januari 2014 lalu.
Penyidik Polda Metro Jaya masih terus mengusut kasus pencemaran nama baik Muhammadiyah sesuai Laporan Pengaduan Nomor : LP/028/I/2014/Bareskrim. Apakah Wagub DKI Jakarta Basuki Tjahja Purnama alias Ahok telah ditetapkan sebagai tersangka, sampai Selasa (9/9/2014) belum diketahui pasti.
"Tunggu saja ya pemberitahuan resmi dari Polda," ujar Bripka Roganda, penyidik pada kasus itu (9/9/2014).